春秋戰(zhàn)國著名俠士聶政，看到韓國君無道，民不聊生，在好友嚴(yán)仲子幫助下，刺殺韓王，卻使奸臣韓傀逃命，為了不連累他人，聶政自殺身亡。嚴(yán)仲子冒死盜出聶政尸體厚葬，并將聶政留下一把縮骨劍及一本記載著神秘誘導(dǎo)基因的著作埋進(jìn)蝴蝶迷谷。
時(shí)間移到1995年夏，武夷山生物夏令營少年科學(xué)家胭脂玉、調(diào)皮鼠在教師東方子英帶領(lǐng)下采集生物標(biāo)本時(shí)，意外發(fā)現(xiàn)滅絕三千年珍貴蝴蝶——金粉紅蝴蝶，此蝶由神龜變化而來。胭脂玉在金粉紅蝴蝶和神龜?shù)恼T導(dǎo)下，發(fā)現(xiàn)了二千年前聶政留下的書劍。同時(shí)在東方子英老師的啟發(fā)和誘導(dǎo)下，他和伙伴順風(fēng)耳等發(fā)現(xiàn)了“思維黑箱”之迷，這對(duì)思維科學(xué)研究來說是一場(chǎng)大突破，驚動(dòng)了聯(lián)合國科教文組織一批科學(xué)家來華考察，引起一場(chǎng)懸殊大答辯。
在未來時(shí)空里，有一座孤島——達(dá)拉門森島，當(dāng)年韓傀已成島上獨(dú)裁總督。為了把世上所有財(cái)富全部占為已有，他親自研究泥土如何變?yōu)閷毷瘜?shí)驗(yàn)，但都告失敗了。當(dāng)聽說“思維黑箱”能幫他解決這問題時(shí)，他展開一系列罪惡活動(dòng)，并派他女兒哈娜公主帶領(lǐng)兩名武士——白狐、獵女倒回現(xiàn)代時(shí)空，尋找胭脂玉，胭脂玉卻在未來時(shí)空中的蝴蝶迷宮遇到聶瑩，由于誤了和科學(xué)家答辯時(shí)間，她的老師東方子英被子逼辭職。她男朋友多次尋找她卻無結(jié)果。胭脂玉借助紅蝴蝶的功力，思維能越來越聰明起來。
哈娜公主屢次和她進(jìn)行較量，都告失敗，韓傀一怒之下下令炸毀蝴蝶迷宮。為了徹底打敗韓傀一伙惡勢(shì)，胭脂玉和聶瑩聯(lián)手闖進(jìn)達(dá)拉門森總督府，成了三千年一對(duì)刺客。最后，在蝴蝶和神龜幫助下，正義終于戰(zhàn)勝了邪惡，天狼被消滅，可是東方子英老師在也不能回到地球了。
本劇故事情節(jié)復(fù)雜、生動(dòng)、似波浪一浪高過一浪，險(xiǎn)象環(huán)生，觀眾對(duì)象除青少年外，也適應(yīng)于其他層次觀眾。
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